Do końca 1966 r. odkryto korytarze środkowego piętra jaskini po Salę Lwa oraz dolne partie, co sprawiło, że długość jaskini sięgała już 200 m. W kolejnych latach prowadzono tam intensywne badania naukowe. Nie znaleziono jednak przekonywujących śladów pobytu w jaskini człowieka paleolitycznego (poza dwoma kłami niedźwiedzia jaskiniowego ze śladami obróbki).

3 grudnia 1967 r. po zakończeniu wykopu w stropie tej sali dokonano odkrycia Sal Pałacowych, Korytarza Człowieka Pierwotnego z przyległymi korytarzami (nazwanego tak ze względu na panujące tam warunki, odpowiednie do stworzenia schronienia dla człowieka). Jaskinia liczyła teraz już 350 m.

W latach 1968-69 prowadzono dalszą eksplorację, w trakcie których odkryto  tzw. stare wrocławskie piętro, położone za Salą Blokową oraz silnie strzaskane tektonicznie partie z Korytarzem Wodnym. W grudniu 1971 r. długość jaskini przekraczała 800 m.
W dniach 26-29 stycznia 1972 r. sześcioosobowy zespół odkrył duży system korytarzy i sal nazwany dolnym nowym poziomem jaskini o łącznej długości ponad 1 km. W skład zespołu wchodzili: J. Bieroński, Z. Dumański, K. Łukaszewicz, J. Panek, M. Paulina i J. Sądej.
Kolejne prace skupiały się na penetracji Komina Maurycego w Sali Szampańskiej i przekopach w Korytarzach Błotnych, położonych tuż za wielką szczeliną w dolnym piętrze jaskini. W ich wyniku długość jaskini przekroczyła 2,5 km.
Na początku lat siedemdziesiątych zostaje powołany Naukowy Komitet Opiekuńczy Jaskini Niedźwiedziej przy Państwowej Radzie Ochrony Przyrody w Warszawie. Staje się on inicjatorem prac badawczych w jaskini oraz sprawuje kontrolę nad ochroną tego obiektu.
Od roku 1977 Jaskinię Niedźwiedzią wraz z otaczającą ją otuliną uznano prawnie chronionym rezerwatem przyrody.
11 czerwca 1983 r. po ośmioletnich pracach przygotowawczych (prace górnicze i budowlane w jaskini, założenie oświetlenia, budowa pawilonu wejściowego, modernizacja dróg dojazdowych i parkingu) otwarto Jaskinię Niedźwiedzią dla ruchu turystycznego.